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毕业论文是时间长、程序多的系统工程，每个责任部门应该各司其职，做好全程的控制管理是毕业论文质量的有效保障。毕业论文写作过程中缺乏有效的院、系两级管理制度，既缺乏学院对各系部的监督检查标准，也缺乏各系部对其毕业论文的质量考核标准，致使毕业论文水平的高低取决于指导教师的主观认定，造成不同院系因标准不同使毕业论文质量参差不齐，很难保证毕业论文质量的提高。
学校、二级学院、系或教研室是保证毕业论文质量的层级系统，主管教学校长、校学术委员会、教学督导、教务处等相关机构和人员，是学校毕业论文质量的管理机构，在整个学校的毕业论文质量中起到主导作用，特别是教务处的作用尤为突出;二级学院在毕业论文质量管理中起主导作用;系和教研室是毕业论文质量管理的基础，是毕业论文质量管理的执行者，三者之间，层次分明，职责清晰。
然而，在实行过程中，教务处未能起到主导、监督作用，而以学校己实行二级管理为由，把更多的责任推至二级学院;系和教研室虽然也承担毕业论文的一些过程管理，但他们往往认为没有决策权，把责任推至二级学院，这样，二级学院就得承担更多的责任，不堪重负，也使得各层级职责不够明确。
从以上文件规定可以看出，文件虽然规定了每个阶段的工作任务和责任人员，但对每个阶段的工作任务，责任人员如何来落实，以及责任人员如未能履行自己的职现，该负怎样的责任，如何进行补救，文件均未规定，以至责任不清，若出现问题，只能由二级学院来承担责任。
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