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1.耳毒性
包括前庭功能障碍和耳蜗听神经损伤。前庭功能障碍主要表现为头晕、视力减退、眼球震颤、眩晕、恶心、呕吐和共济失调，主要为眩晕；耳蜗听神经损伤主要表现为耳鸣、听力减退和永久性耳聋。前庭功能障碍多见于新霉素、卡那霉素、链霉素和庆大霉素；耳蜗听神经损伤多见于新霉素、卡那霉素和阿米卡星；其他品种也可引起耳毒性。由于妊娠期妇女注射本类药物可能导致新生儿听力受损，因此孕妇应禁用。
2.肾毒性
氨基糖苷类是诱发药源性肾脏衰竭的常见病因，通常表现为蛋白尿、管型尿、血尿等，严重时可发生氮质血症和导致肾功能降低。肾功能减退可使氨基糖苷类血浆浓度升高，又进一步加重肾功能减退和耳毒性。
3.神经肌肉麻痹
可引起心肌抑制、血压下降、肢体瘫痪和呼吸衰竭。可以使用新斯的明和钙剂对抗治疗。
4.变态反应
皮疹、发热、血管神经性水肿。
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